По последовательной и эффективной организации деятельности Ташкентского исламского института работают следующие отделения:
- Ректорат;
- Учебно-методический отдел;
- Отдел духовно-просветительской работы с одаренной молодежью;
- Информационно-ресурсный центр;
- Отдел мониторинга и внутреннего контроля;
- Отдел информационно-технического снабжения;
- Отдел кадров;
- Канцелярия и архив;
- Бухгалтерия;
- Отдел техническо-хозяйственного снабжения.
