Шайх Муҳаммад Содиқ Муҳаммад Юсуф 1980 йилда ўқишни тамомлаб, Ливиядан Ўзбекистонга қайтиб келгач, қуйидаги вазифа ва лавозимларда фаолият юритди.
1981 йили Имом Бухорий номидаги Тошкент Ислом институти ўқитувчиси;
1982 йили Имом Бухорий номидаги Тошкент Ислом институти ректор муовини;
1984 йили Имом Бухорий номидаги Тошкент Ислом институти ректори вазифаларида ишлади.
У институтда 1981 – 1989 йиллар мобайнида Тафсир, Ҳадис, Улумул Қуръон, Ақида фанларидан дарс берди.
У ушбу Ислом институти барномасига талайгина ижобий янгиликлар киритди, бир қанча исломий фанлар ва қўлланмаларни илк бора жорий қилди. Масалан, «Қуръон илмлари», «Улумул ҳадис», Ақида фанларини ҳамда Ҳадис ва Тафсир фанларидан Роваиъул-баян, Манҳалул-ҳадис каби бир қанча қўлланмаларни Олий Маъаҳадга у олиб кирган эди.
1989 йили 6 февралда Ўрта Осиё ва Қозоғистон мусулмонлари диний идораси муфтийси бўлди;
1989 йил декабрь ойида СССР Олий Кенгашининг халқ депутати этиб сайланди;
1993 йил июнь ойида муфтийлик лавозимидан истеъфога чиқди.
У ўзининг муфтийлик даврида мусулмонлар учун улкан хизматларни бажарди. У Ўрта Осиё ва Қозоғистон мусулмонлари диний бошқармаси раиси ҳамда СССР Олий Кенгашининг халқ депутати сифатида СССР ҳукуматидан мусулмонларнинг кўплаб ҳақ-ҳуқуқларини талаб қилиб чиқди ва мақсадга эришди. Мусулмонлар учун минглаб масжид-мадрасалар очилишида улкан ташаббус кўрсатди.
СССР ҳудудидаги мусулмонлар учун асрий орзуси бўлган муборак Ҳаж сафарининг очилишига сабаб бўлди. Катта сондаги мусулмонларнинг ҳаж ибодатини эмин-эркин адо этиб келишларига рухсат олди. У кишнинг муфтийлик даврида биринчи марта 1990 йилда Юртдан борган ҳожилар Саудия Арабистони ҳукумати тарафидан «Подшоҳнинг меҳмонлари» сифатида қабул қилиндилар.
